近来，日本与日本的最大贸易合作国中国的关系有显著的复苏趋势，并且在今年，中国政府发表了“粤港澳大湾区发展规划纲要”，主张广东、香港、澳门大湾区的所谓世界最大规模的城市圈发展计划。在如此背景之下，位于粤港澳大湾区中心的深圳为了加强与日本的经济贸易交流，受到深圳市政府的支持，l老早以前就已开始筹建团体。托此之福，日本深圳总商会作为日本和深圳市的经济与文化交流平台得以成立。
日本深圳总商会在理解日本商业习惯、各类文化以及法律法规等差异的情况下，与各范畴的有识之士以及重要职务等关键人物的日本关联人员协作，构筑中日间的个人以及企业的良好信赖关系，以扩大会员利益为目标。